Do 2017 r. naczelnik urzędu skarbowego miał prawo do wykreślenia podatnika z rejestru VAT tylko w kilku przypadkach: jeżeli przedsiębiorca zaprzestał wykonywania czynności opodatkowanych, lub w przypadku rejestru VAT-UE - nie złożył deklaracji przez okres 6 miesięcy. Nie składając 21 deklaracji i unikając kontaktu z urzędnikami, należy się spodziewać, że naczelnik przeprowadzi kontrolę. O ile nie uda mu się skontaktować z podatnikiem, wykreśli go z rejestru VAT. Począwszy od 2017 r., liczba możliwych sytuacji, które pozwalają naczelnikowi na usunięcia podatnika z bazy VAT, została jednak poszerzona.
Otóż od 1 stycznia 2017 r. wykreślenie z rejestru VAT grozi podatnikowi w następujących przypadkach:
Zanim podatnik zostanie wykreślony z rejestru VAT, naczelnik przeprowadza czynności sprawdzające, dlatego cały proces może trwać nawet kilka miesięcy. Co istotne, władze skarbowe w niektórych przypadkach nie mają obowiązku informowania przedsiębiorcy o wykreśleniu podatnika z bazy i tej praktyki się trzymają.
W efekcie może się zdarzyć, że niczego nieświadomy podatnik wykonuje czynności opodatkowane bez świadomości, że nie ma prawa do odliczenia naliczonego podatku VAT z uwagi na wykreślenie go z rejestru. Dlatego warto od czasu do czasu sprawdzić swój status, na co po wpisaniu numeru NIP danego podmiotu pozwala Portal Podatkowy Ministerstwa Finansów.